此前，有媒体提出质疑，称《百万英雄》1月26日晚22点，50万元奖金场，显示通关人数为13万，显示每人获得奖金为3元，相当于实际奖金总额仅有39万，与所宣称的50万奖金额相差10余万。
《百万英雄》项目组回应称，“每人分到3元”是系统简化显示的问题。仍以记者举例的1月26日22点场为例，该场奖金池为50万元，具体通关人数为130299，实际应发数额无法除尽，是无限循环小数，因此统一显示为3元。
但《百万英雄》实际活动发放奖金会取到分，当天实际每人发放奖金为3.83元，所有用户都可以在自己的账户中，随时查看精确到小数点后两位的实际到账奖金明细。
同时，为提高用户体验，《百万英雄》已经更新后续版本，每场直播末尾公示的奖金金额显示已经精确到小数点后一位，帮助用户更好的查看收益。
此外，《百万英雄》项目组还表示，节目中新加入的“随机宝箱”，奖金来自额外独立的奖金池，也就是说，并不会从通关大奖中扣除。这一功能是额外为闯关失败用户准备的随机安慰奖。